1987年在原华西医科大学出生缺陷监测中心的基础上，成立了中国出生缺陷监测中心，一直负责全国出生缺陷监测工作。1997年在此基础上又成立了全国妇幼卫生监测办公室，主要负责全国孕产妇死亡监测、全国5岁以下儿童死亡监测和全国出生缺陷监测工作。
在卫生部的直接领导下，1986年监测中心承担了国家“七·五”攻关课题——《中国围产儿出生缺陷监测及高危高发出生缺陷的病因学探讨》，全国29省、市、自治区的945所医院参加了该项目，通过对近124万例围产儿出生情况的全面调查，首次获得了反映我国出生人口素质的宝贵资料，初步摸清了我国围产儿素质的基本状况，查明了围产儿出生缺陷的种类、顺位、发生率及其地域、人群和季节的分布，为我国政府制订妇幼卫生行政决策提供了科学依据。建立了全国范围的以医院为基础的出生缺陷监测网，填补了我国在出生缺陷监测领域的空白，标志着我国在这一领域的研究迈入了国际先进行列。
1996年，为了加强对全国妇幼卫生监测的管理，便于资料的横向比较，在卫生部直接领导下，全国出生缺陷监测网与全国5岁以下儿童死亡网、全国孕产妇死亡监测网进行了监测点的统一，实现“三网合一”的监测模式。全国31省、市、自治区的116个监测市县、约470所医院参加了监测网络，覆盖人群近8000万，形成了三级监测网络，是我国妇幼卫生领域最大的流行病学调查现场。通过连续动态的监测，获得了比较准确、可靠反映我国妇女儿童健康的重要数据----婴儿死亡率和孕产妇死亡率，为我国妇幼卫生决策提供了科学依据。监测项目获得了国务院妇女儿童工作委员会和国家统计局的认可，监测数据每年由我国政府正式对外公布。1999年由监测办公室提交的全国妇幼卫生监测数据为我国政府实施“降低孕产妇死亡和消除新生儿破伤风”项目奠定了科学依据，从而启动了建国以来我国政府对妇女儿童健康项目的最大一次投入。
全国妇幼卫生监测办公室成立以来，加强了对监测项目的管理工作，制订了监测工作量化评价体系，并对考核优秀的省份进行了表彰；监测办公室每年对6－9个省进行数据的国家级质量控制，确保监测数据更客观、更可靠地反映我国实际水平。协助卫生部举办每年一次的监测年会，同时为了培养监测队伍，提高监测水平，监测办公室先后举办了各种培训班和学术研讨会 8次，协助省级培训18次。2000年以来，监测办公室对全国31省、市、自治区的省级妇幼卫生监测网进行了资料收集和评价，并协助和指导省级监测网的改进和培训。
2003年为了更好地配合卫生部和中国残联启动的《中国提高出生人口素质，减少出生缺陷和残疾的行动计划》，在卫生部的领导下，福建、河南、辽宁、天津和湖北五个监测点开展了以人群为基础的出生缺陷监测试点项目，监测办公室完成了方案设计、软件编制、人员培训以及项目的启动，以期获得准确反映我国出生缺陷现状的科学依据。
2002年监测中心承担了国家科技部973项目——《出生缺陷监测和出生缺陷家系库的建立》，其目的是利用全国妇幼卫生监测网络的优势，建设一个多种类、多民族的华人最大的出生缺陷家系库。将流行病学同分子生物学结合，为深入开展出生缺陷病因学研究奠定了良好的基础。
17年来，监测中心（办公室）十分重视学术队伍的建设和人力资源的投入。监测中心依托四川大学华西第二医院在妇产儿童方面的人力资源优势，成立了妇幼卫生三网监测专家小组，每组由知名教授任组长，形成了一个以妇产科、儿科、遗传学、流行病学、统计学、社会学等多学科参与的专业队伍。现有专职人员10名，其中硕士毕业生5人，博士1人，兼职教授12人。
中心成立以来，先后承担了国家科技部、卫生部、教育部、世界银行贷款项目、美国CMB基金等科研课题十余项，科研经费近1000万元，发表论文百余篇。已出版具有影响力的专著两本——《中国出生缺陷地图集》和《中国出生缺陷监测畸形图谱》。1995年获得了国家科技进步三等奖和卫生部科技进步二等奖。
我们的目标将是要建设一个规模最大、覆盖人群最广、信息最多、数据最可靠的中国妇幼卫生监测信息库，并依托四川大学综合优势，建立以妇幼卫生为主体多学科参与的综合研究基地，实现资源共享，共同发展。
